Universitas Islam Negeri (UIN) Salatiga menjadi objek pelaksanaan Audit Kinerja Rinci yang dilakukan oleh Inspektorat Jenderal Kementerian Agama Republik Indonesia pada tanggal 24–31 Agustus 2025. Audit ini bertujuan untuk mengukur dan memastikan kualitas tata kelola universitas, dengan menitikberatkan pada enam aspek utama, yaitu aspek transparansi, akuntabilitas, akademik, sumber daya manusia, kepatuhan terhadap regulasi, serta sarana dan prasarana.
Siklus audit dilaksanakan secara menyeluruh, dimulai dari proses permintaan data, entry meeting, hingga pelaksanaan exit meeting yang diakhiri dengan tindak lanjut hasil notisi audit. Dalam pelaksanaan ini, Bapak Ali Saban bertindak sebagai pengendali teknis, sementara ketua tim dipercayakan kepada Bapak Ahmad Nida yang didukung oleh enam anggota tim lainnya. Proses audit berjalan lancar dengan dukungan penuh dari pihak universitas.

Dalam sambutannya saat exit meeting, Rektor UIN Salatiga menyampaikan apresiasi kepada tim auditor dan menegaskan bahwa hasil audit akan dijadikan dasar untuk melaksanakan perbaikan berkelanjutan. Beliau menekankan pentingnya komitmen seluruh sivitas akademika untuk meningkatkan kualitas tata kelola agar semakin sesuai dengan standar yang diharapkan.
Berdasarkan hasil evaluasi, UIN Salatiga memperoleh total nilai skor sebesar 72,3. Angka ini dinilai cukup baik, namun masih menyisakan ruang untuk perbaikan di berbagai aspek. Rektor menegaskan bahwa capaian tersebut akan menjadi pemacu semangat bagi seluruh jajaran UIN Salatiga dalam melakukan penyempurnaan sistem, baik dalam bidang akademik, pengelolaan SDM, maupun penguatan sarana dan prasarana.