Satuan Pengawasan Internal Universitas Islam Negeri Salatiga pada mulanya bernama Satuan Pemeriksa Intern Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Salatiga sesuai Keputusan Rektor Institut Agama Islam Negeri Salatiga Nomor In. 06.0/R/KP.02.3/045/2012. Seiring terbitnya Peraturan Menteri Agama Nomor 54 Tahun 2015 tentang Organisasi dan Tata Kerja Institut Agama Islam Negeri Salatiga, nama Satuan Pemeriksa Intern Institut Agama Islam Negeri Salatiga berubah menjadi Satuan Pengawas Internal Institut Agama Islam Negeri Salatiga, dan kemudian berubah menjadi Satuan Pengawasan Internal Institut Agama Islam Negeri Salatiga sesuai dengan Peraturan Menteri Agama Nomor 25 Tahun 2017 tentang Satuan Pengawasan Internal pada Perguruan Tinggi Keagamaan Negeri. Perubahan Status Institut Agama Islam Negeri Salatiga menjadi Universitas Islam Negeri Salatiga sesuai Peraturan Presiden Nomor 88 Tahun 2022 tentang Perubahan Institt Agama Islam Negeri Salatiga menjadi Universitas Negeri Salatiga dan Peraturan Menteri Agama Nomor 79 Tahun 2022 tentang Organisasi dan Tata Kerja Universitas Islam Negeri Salatiga, menjadi nama Satuan Pengawasan Internal Institut Agama Islam Negeri Salatiga menjadi Satuan Pengawasan Internal (SPI) Universitas Islam Negeri Salatiga